Dataset Previews
First, initialize by adding tools and declare floating type
using GriddingMachine
using PkgUtility
using Plots
using Plots.PlotMeasures
ENV["GKSwstype"]="100";
FT = Float32;
# use this to fix the problem in generated preview.jl file
F1 = joinpath(@__DIR__, "../../Artifacts.toml");
F2 = joinpath(@__DIR__, "../../../Artifacts.toml");
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS = (isfile(F1) ? F1 : F2);
predownload_artifact.(["CH_20X_1Y_V1",
"CI_12X_1Y_V1",
"CI_PFT_2X_1Y_V1",
"GPP_MPI_2X_1M_2005_V1",
"GPP_VPM_5X_8D_2005_V1",
"LAI_4X_1M_V1",
"LM_ERA5_4X_1Y_V1",
"LNC_2X_1Y_V1",
"LNC_2X_1Y_V2",
"LPC_2X_1Y_V1",
"NDVI_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"NIRO_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"NIRV_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"SIF740_TROPOMI_1X_1M_2018_V1",
"SLA_2X_1Y_V1",
"SLA_2X_1Y_V2",
"TD_12X_1Y_V1",
"VMAX_CICA_2X_1Y_V1",
"WD_2X_1Y_V1",
"NPP_MODIS_1X_1Y"],
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS);#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.4%
# 2.7%
#### 6.7%
########## 14.6%
################################### 48.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
1.2%
#### 6.2%
######## 12.2%
############################# 41.6%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
# 2.0%
#### 6.8%
#################### 28.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.1%
0.9%
# 1.7%
### 4.8%
############# 18.5%
############################################## 64.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.1%
0.3%
0.7%
# 1.9%
##### 7.3%
################## 25.6%
################################## 48.0%
################################################# 69.0%
################################################################ 90.1%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.2%
1.4%
# 2.4%
##### 7.0%
################## 25.3%
###################################################################### 97.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
## 3.0%
############# 18.4%
######################## 33.8%
####################################################### 76.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
-=O#- # # #
-=O=# # # #
-=O=-# # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
## 3.7%
############## 20.3%
####################################### 55.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
# 2.8%
############ 17.2%
########################### 38.7%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
## 3.6%
############### 21.4%
######################################### 57.3%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.0%
0.0%
0.2%
0.6%
# 2.4%
#### 6.5%
####### 10.5%
########## 14.3%
############# 18.1%
############### 21.9%
################## 25.7%
##################### 29.4%
####################### 33.2%
########################## 37.1%
############################# 41.0%
################################ 44.8%
################################## 48.5%
##################################### 52.1%
######################################## 55.7%
########################################## 59.1%
############################################# 62.8%
############################################### 65.9%
################################################# 69.1%
#################################################### 72.3%
###################################################### 75.2%
####################################################### 77.2%
######################################################## 78.8%
########################################################## 80.6%
########################################################### 82.6%
############################################################ 84.7%
############################################################## 86.7%
############################################################### 88.8%
################################################################# 90.8%
################################################################## 93.0%
#################################################################### 95.1%
###################################################################### 97.3%
####################################################################### 99.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.0%
0.1%
0.1%
0.3%
1.0%
## 3.6%
##### 7.2%
####### 10.7%
########## 14.1%
############ 17.6%
############### 21.1%
################# 24.4%
################### 27.4%
##################### 30.2%
###################### 30.8%
####################### 33.2%
######################### 35.7%
########################## 37.1%
########################### 38.6%
############################ 40.2%
############################## 41.8%
############################### 43.2%
############################### 44.3%
################################ 45.5%
################################# 46.7%
################################## 47.9%
################################### 49.1%
#################################### 50.3%
##################################### 51.5%
##################################### 52.8%
###################################### 54.0%
####################################### 55.3%
######################################## 56.5%
######################################### 57.7%
########################################## 59.0%
########################################### 60.3%
############################################ 61.6%
############################################# 62.9%
############################################## 64.2%
############################################### 65.5%
################################################ 66.8%
################################################# 68.2%
################################################## 69.5%
################################################## 70.8%
################################################### 72.1%
#################################################### 73.4%
##################################################### 74.7%
###################################################### 76.1%
####################################################### 77.4%
######################################################## 78.6%
######################################################### 79.7%
########################################################## 81.0%
########################################################### 82.4%
############################################################ 83.7%
############################################################# 85.1%
############################################################## 86.5%
############################################################### 87.9%
################################################################ 89.3%
################################################################# 90.7%
################################################################## 92.1%
################################################################### 93.5%
#################################################################### 94.9%
##################################################################### 96.2%
###################################################################### 97.6%
####################################################################### 99.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.0%
0.0%
0.1%
0.3%
1.1%
### 4.2%
###### 8.4%
######## 12.0%
########## 15.2%
############# 19.0%
################ 22.8%
################### 26.6%
##################### 30.4%
######################## 34.2%
########################### 38.0%
############################## 41.7%
################################ 45.5%
################################### 49.2%
###################################### 52.9%
######################################## 56.7%
########################################### 60.6%
############################################## 64.3%
################################################# 68.1%
################################################### 71.9%
###################################################### 75.7%
######################################################### 79.5%
########################################################### 83.2%
############################################################## 87.0%
################################################################ 90.2%
################################################################### 93.7%
###################################################################### 97.5%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.2%
1.0%
## 3.9%
######### 13.2%
##################################### 52.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
## 3.6%
########### 16.2%
####################################### 55.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
# 2.7%
######## 12.1%
################################# 47.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.3%
1.2%
### 4.2%
###### 8.9%
####################### 32.1%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
### 4.3%
########################### 38.8%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
# 2.8%
######## 11.9%
################################### 49.7%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
###################### 30.9%
######################################################################## 100.0%Then, define a function to plot the dataset
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
size=(700,300),
framestyle=:none)
end
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int, clim::Tuple)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
clim=clim,
size=(700,300),
framestyle=:none)
endpreview_data (generic function with 2 methods)
Leaf level datasets
Leaf nitrogen content
LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogenButler{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogenBoonman{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)Leaf phosphorus content
LPC_LUT = load_LUT(LeafPhosphorus{FT}());
mask_LUT!(LPC_LUT, FT[0,Inf]);
LPC_LUT = regrid_LUT(LPC_LUT, Int(size(LPC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LPC_LUT, 1)Specific leaf area
SLA_LUT = load_LUT(LeafSLAButler{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)SLA_LUT = load_LUT(LeafSLABoonman{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)Vcmax
VCM_LUT = load_LUT(VcmaxOptimalCiCa{FT}());
mask_LUT!(VCM_LUT, FT[0,Inf]);
VCM_LUT = regrid_LUT(VCM_LUT, Int(size(VCM_LUT.data,2)/180));
preview_data(VCM_LUT, 1)Stand level datasets
Canopy height
CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightGLAS{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightBoonman{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)Clumping index
# global clumping index
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexMODIS{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
preview_data(CLI_LUT, 1, (0.4,1))# global clumping index per PFT
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexPFT{FT}());
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(CLI_LUT.data,3)
preview_data(CLI_LUT, i, (0.4,1));
end
gif(anim, fps=1)
Gross primary productivity
# GPP MPI
GPP_LUT = load_LUT(GPPMPIv006{FT}(), 2005, "2X", "8D");
GPP_LUT = regrid_LUT(GPP_LUT, Int(size(GPP_LUT.data,2)/180));
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
anim = @animate for i ∈ 1:46
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=5)
# GPP VPM
GPP_LUT = load_LUT(GPPVPMv20{FT}(), 2005, "5X", "8D");
GPP_LUT = regrid_LUT(GPP_LUT, Int(size(GPP_LUT.data,2)/180));
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
anim = @animate for i ∈ 1:46
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=5)
Leaf area index
LAI_LUT = load_LUT(LAIMonthlyMean{FT}());
LAI_LUT = regrid_LUT(LAI_LUT, Int(size(LAI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(LAI_LUT.data,3)
preview_data(LAI_LUT, i, (0,6));
end
gif(anim, fps=1)
Normalized difference vegetation index
NDV_LUT = load_LUT(NDVIAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NDV_LUT = regrid_LUT(NDV_LUT, Int(size(NDV_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NDV_LUT.data,3)
preview_data(NDV_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)
Near infrared reflectance of vegetation
NIV_LUT = load_LUT(NIRvAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NIV_LUT = regrid_LUT(NIV_LUT, Int(size(NIV_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NIV_LUT.data,3)
preview_data(NIV_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)
Near infrared reflectance of vegetation with offset
NIO_LUT = load_LUT(NIRoAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NIO_LUT = regrid_LUT(NIO_LUT, Int(size(NIO_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NIO_LUT.data,3)
preview_data(NIO_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)
Net primary productivity
NPP_LUT = load_LUT(NPPModis{FT}());
mask_LUT!(NPP_LUT, FT[-Inf,1e19]);
NPP_LUT = regrid_LUT(NPP_LUT, Int(size(NPP_LUT.data,2)/180));
NPP_LUT.data .*= 1e9;
preview_data(NPP_LUT, 1)Sun induced fluorescence
SIF_LUT = load_LUT(SIFTropomi740{FT}(), 2018, "1X", "1M");
mask_LUT!(SIF_LUT, FT[-100,100]);
anim = @animate for i ∈ 1:12
preview_data(SIF_LUT, i, (0,3.5));
end
gif(anim, fps=3)
Tree density
TDT_LUT = load_LUT(TreeDensity{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(TDT_LUT, FT[0,Inf]);
TDT_LUT = regrid_LUT(TDT_LUT, Int(size(TDT_LUT.data,2)/180));
preview_data(TDT_LUT, 1, (0, 150000))Wood density
TDT_LUT = load_LUT(WoodDensity{FT}());
mask_LUT!(TDT_LUT, FT[0,Inf]);
TDT_LUT = regrid_LUT(TDT_LUT, Int(size(TDT_LUT.data,2)/180));
preview_data(TDT_LUT, 1)Land surface
Land mask
LMK_LUT = load_LUT(LandMaskERA5{FT}());
LMK_LUT = regrid_LUT(LMK_LUT, Int(size(LMK_LUT.data,2)/180));
preview_data(LMK_LUT, 1)This page was generated using Literate.jl.